Q、ヤマト運輸で不在票が無いのに持ち戻りになっているケースはよくある事ですか？
センターに問い合わせたところ担当ドライバーから連絡すると言われましたが一切連絡が無いままなので、また営業時間になってから電話した方が良いのでしょうか？

A、電話をするよりも、クロネコメンバーズに登録をして、荷物追跡から指定をしましょう。

いくらか、確認させていただいた上で、お話させてください。
・お荷物は、追跡確認などされましたか？
・お荷物は、Eコマース（Amazon、ZOZOTOWNなど）のお買い物商品ですか？

なぜ、確認したかというと、
追跡確認または公式LINE登録の上での通知受け取りおよびクロネコメンバーズ会員で、不在通知を受けたのであれば、荷物は確実に配達員が持っているか、管轄のセンターにあるかのどちらかになります。
稀にですが、時間帯によっては引継ぎによって、他の配達員に荷物が引き継がれる場合もあり、その際に情報反映、処理がなされていない場合もあります。

また、
センター問い合わせを受けた従業員が連絡漏れをした可能性もあります。

さらに
Eコマース荷物の大半が、現在EAZYというネット通販向け宅急便サービスで配達がされています。その荷物は、EAZY CREWという業務委託ドライバーが請け負っています。
業務委託のドライバーがずぼらということではありませんが、センター持ち出しから担当区分の入れ違いで、荷物を引き継ぎ、連絡漏れをしてしまったということもあり得ます。

いずれにせよ
ヤマト運輸の仕組み上では、荷物は必ずセンターまたは配達員持ち出しの状態が原則です。
クロネコメンバーズであり、荷物が持ち出し中であれば、直接配達員に連絡することも可能だったと思います。

事案としては、よくあることではなく、稀に起こりうるヒューマンエラーです。

対策としては、一番はクロネコメンバーズに加入し、公式LINEアカウントで配達日時指定を着実にしておけば、ほぼ確実に配達されると思います。